台灣基督長老教會是在一八六五年六月十六日，由英國籍宣教師馬雅各醫師（Dr.James L.Maxwell）在台南市開設醫院從事醫療傳道開始。
台灣的信義宗教會
1950年代在台宣教初期，即有四國（美國、挪威、丹麥、芬蘭）八差會一起合作，後因政策不同，有三國四差會仍在台灣信義會內，其餘四差會各自獨立發展，漸次成立新的總會。目前在台灣的信義宗教會
台灣浸信會緣起
1936年10月，在廣州舉行「浸會來華宣教百週年」感恩慶祝大會，大會中積極提倡重視邊疆佈道運動。1948年成立全國中華浸信會聯會，6月間聯會邊疆佈道委員會即差派楊美齋牧師來台（當時台灣被視為邊疆地區），爾後美南浸信會則差派明俊德教士（Miss Bertha Smith）由山東濟寧赴滬，得悉台灣需要福音，即蒙神引導，於10月19日轉抵台北，12月26日舉行浸會在台首次的主日崇拜，浸信會在台福音事工因此而萌芽。50年代前後由於大陸受戰事影響，又因當時中央政府遷台緣故，在台者日眾，此時浸會宣教士除部份返美外亦有自大陸輾轉來台，因此浸信會在台事工即以當時軍公教背景居多之大陸省籍族群為傳福音主要對象，建立教會，也因而被以為浸會係純「國語系」教派。
衛理公會在台灣
一九四九年當大陸變色時大陸有十六個省的本會會友，跟隨政府播遷來台，分居台北、台中、台南等地，分別在台北濟南路國語禮拜堂、中山北路四條通長老教會、許昌街青年會聚會、南部則在台南南門長老教會國語部等教會開始聚會。一九五二年初，黃安素會督（Ralph A. Ward）偕同芮理察會督（Richard C.Raines）暨富品德博士（Reace Hayes）來台訪問，探討本會在台展開宣教工作之可行性，返美後即向差會積極建議爭取來台宣教。
台灣聖公會的沿革
1895年中日甲午戰爭之後，滿清政府簽訂「中日馬關條約」將台灣割讓給日本，遂有許多日本人由其本國渡台，但卻是在人格上卻是良莠不齊；當時日本聖公會教勢頗強，會友頗有心要將基督的福音傳給在台灣的人士；於是日本聖公會婦女部在禱告與財力、物力全力支援下，派遣宣教士到台灣傳道，並曾在台北、台中、台南、宜蘭等地設立教會，可惜因日本戰敗，居留台灣人士皆返回國內而告終止。其間，日本人所建的聖公會建築物，被台灣政府沒收並拍賣給現在的長老教會。時至1949年，若干原居大陸各地之聖公會教友，追隨政府播遷來台，由於環境所迫，對於宗教信仰更為急切需要，但因當時無聖公會之教堂可供參與主日崇拜，然因教友之熱誠，遂在來台原鄂湘教區已退休之劉汝霖牧師及原福建教區已退休之鄭斌言牧師襄助下，暫借教友住宅舉行家庭禮拜；其後更曾獲多位牧師（其中楊詠經牧師非聖公會牧師，卻前來支援）忠心照顧教友，且於1952年9月獲得允許利用台北長安東路長老會之中山教會（原日本聖公會），每主日下午聚集禮拜。至此，台北地區教友始有固定崇拜地點。
是年美籍莫華德（Rev.Walter P.Mores）牧師由大陸來台，在台北繼續推行救濟貧困與傳道工作。當時因無聖公會正式組織，莫華德牧師遂自行展開其工作，並且被美駐華軍事顧問團（M.A.A.G.）聘為軍中牧師，照顧美軍聖公會教友；後曾借用陽明山台灣神學院禮拜堂，舉行定期英語主日崇拜，施行多項聖工。這一批的聖公會教友後來也參與融合於聖公會台灣教區各處教會之中。是以來台教友早期活動，除中山教會���會之教友為主幹外，尚有莫華德牧師所領導之教友；而南部岡山地區教友，則在劉汝霖牧師領導下，亦迅速發展。台灣聖公會終於蒙上主引導賜福，在這些開路先鋒以及各地熱心教友共同努力之下，得到美國聖公會熱心支援，終能成立。
台灣聖潔教會
一九○一年，高滿牧師與中田重治牧師，在日本東京提攜合作，推動聖潔運動並強調四重福音；而於一九○五年，組織「遠東宣教會」向亞洲地區推展了宣教、傳福音運動。一九○七年相繼在韓國及中國大陸，開設教會及神學院；一九二六年，台灣宣教時機成熟，日本聖教會差派安部藤夫牧師來台，籌設教會事宜，於同年元月三十日在台北市「台灣日日新聞社」樓上舉行開設禮拜，租用台北市御成町二樓店鋪為會堂（即今之中山北路一段）正式成立「台北聖潔教會」。這是台灣聖潔教會的開始，也奠定了台灣聖教會的信仰指向與基礎。
一九四二年六月，日本政府以聖教會抵觸了國體及政策，下令關閉教會，禁止一切宗教活動，福音事工受阻停頓；一九四五年八月十五日日本戰敗向盟軍投降，台灣始從專制桎梧下得以釋放，各地教會聖工復興。一九五一年五月十日高進元牧師及王錦源牧師發起，召開台灣聖教會成立大會，同年六月十一日立案成立「基督教台灣聖教會」；一九五一年十一月，與遠東宣教會合作，開辦「中台神學院」，造就栽培傳道人員，以敷教會事工之需，並於同時成立查經隊、佈道團，在台灣各地展開了開拓教會事工，造就信徒信仰靈命。一九七一年，台灣聖教會邁向完全自立途徑，鞏固教團，為拓展上帝國度。
基督復臨安息日會
一九四八年，本會差派傳道人，由大陸或海外先後來到寶島台灣，著手開拓傳道聖工。從北到南，信徒同心協力、胼手胝足，積極建立教會根基，開展聖工。至今（二○○○年）台灣地區已設有教會四十六間，佈道所三十一間，教友人數共有七六三三人。
真耶穌教會
台灣黃呈聰（以利沙）、黃呈超（基甸）、張錦章（撒迦）、王慶隆（耶利米）、黃醒民（但以理）等師兄，曾在漳州；吳道源（約翰）曾在廈門；各歸入真耶穌教會，受浸得聖靈，乃商議台灣傳道的工作。一九二六年三月二日，由黃以利沙、吳約翰、王耶利米、黃但以理等，領導張巴拿巴、郭多馬、高路加、陳元謙等，由廈門搭船；三日抵台北；四日訪問台灣總督府，說明來台傳道的目的。五日抵線西鄉十五張犁；七日在塭仔村舉開抵台第一次佈道會，聽眾二百多人；八日在線西公學校運動場舉開，聽眾四百多人。九日應和美警察部長之邀請，在和美開佈道會。十日十五張犁第一次施浸共六十二人，並成立線西教會（現為伸港教會）。
三月十三日到台南，工作分作兩班：一班留在台南，一班到牛挑灣開會三天，十八日施浸二十七人，成立牛挑灣教會（現為朴子教會）。在台南時，有英籍牧師劉忠堅，帶其傳道和信徒十多人，到旅館來聽本會的真道。廿二、廿三日兩天，在台南文化講座開佈道會，聽眾大部分是長老會信徒。
四月二日到清水，五日於鹿寮施浸十一名，並成立清水教會。六日轉到台北，在文化講座開佈道會兩天，聽眾六百餘人。四月十二日結束台灣傳道工作，由基隆搭船回大陸。並工作四十天，設立三處教會，施浸百餘人。
真耶穌教會另一血淚開拓史，即山胞傳道工作。日據時代，山胞與平地人民交往受到限制，信仰亦不自由，因此在山地的傳福音工戶備極辛苦，並屢遭迫害，甚至殉道。因限於篇幅省略。
神召會（ASSEMBLIES OF GOD）為一『五旬節信仰』召會組織，於一九一四年在美國阿肯色州溫泉城（Hot Springs. Arkansas）創立，現分佈於世界各地，設立地區或國家性組織。
中國神召會總議會於中華民國三十七年九月十二日在湖北省武昌神召會召開成立大會，由當時之七區即華北、東北、西北、華中、華南，及西南各區代理議決通過中國神召會『總綱』，惜不久中國大陸淪陷。隨政府遷台後在台灣成立區會設立教會傳遞基督福音，並於民國四十九年四月二十一日向台灣省政府登記為財團法人組織，當年五月十日向台北地方法院辦妥法人登記手續。
門諾會
本會名稱台灣基督教門諾會教會聯會。一九四八年，門諾會中央委員會（前稱門諾會互助促進社，簡稱MCC，總會設在Akron.Pennsylvania. USA），應前台灣神學院院長孫雅各牧師之邀，差派數位醫生、護士和志願工作人員來台從事山地醫療和救濟山胞的工作，並成立「基督教門諾會山地醫療團」在台灣全省山地展開醫療傳道工作，及至薄柔爛醫師來台，乃於一九五五年正式在花蓮設立基督教門諾醫院，進一步從事醫療傳道工作。
由於醫療傳道工作的進展，MCC乃請門諾會海外宣道會（Commission on verseas
Mission.簡稱COM，總會在Newton. Kansas. USA），考慮在台灣繼續擴展宣教事工，經COM派員來台考察研究後，肯定在台開設新宣教區的需要，遂於一九五五年差派第一位宣教師宋大衛牧師來台從事宣道事工，當年，第一間門諾教會──台中林森路教會成立，以後，門諾教會陸續在台中，台北和花蓮設立，至二○○○年，共十八間。
中華循理會
在台發展：中國大陸陷入赤色洪流，本會因情勢變化，輾轉來台拓展新局。一九五二年間崇德教士較先由港來台，此間聖工由她開端。而來寧德教士、聞羔義師母、戴永冕牧師師母、汪養吾牧師師母、石省三弟兄夫婦相繼而來，聖工大大開展。在高雄市河南二路一、二號（原名和平巷一號）成立在台之基督教中華循理會。前三年在高屏地區成立大寮、鳳山、高雄、屏東、田道等教會。一九五四年，由戴永冕牧師（即內地會戴德生牧師的孫子）、汪養吾牧師、石省三弟兄等召開第一屆台灣年議會。一九五五年在上址創辦聖光聖經學院，於一九六八年改為聖光神學院。開始由戴永冕牧師以中華循理會會長兼任院長。他於一九六四年退休返美，院長由他兒子戴紹曾繼任，至一九七○年他在台北另創中華福音神學院。而聖光神學院全由中國同工接長至今。
台灣基督教協同會
自一九五一年起，開始在台灣之福音工作，分別在東部、中部、南部、北部，開拓教會至今。目前全省已有三十二間教會，分別以國、台語聚會，其中有部份教會關心山地青年，協助山青福音事工，一九五五年本會參與山地阿美語翻譯聖經之事工，同年，亦有宣教士加入客語宣教，一九五九年開辦希望院收容有需要照顧之兒童，給予身、心、靈上的關懷與照顧……等。
貴格會
大陸淪陷後，貴格會宣教士來到台灣，民國四十二年先在嘉義展開福音工作，以後在高雄、台中、桃園、台北、基隆都建立教會。
民國四十三年，貴格會在嘉義西門正式租房子聚會，起初用國語傳福音，後有鑑於台語人口的需要，也用台語講道，所以貴格會在台灣有國語教會、台語教會，也有雙語並用的。
貴格會雖是由美東的教會所成立，但初期即很快把棒子交給中國人，至今教會已獨立成為「年會」，和原來的差派團體成了兄弟年會，彼此相互激勵，彼此建造，並有合作差派宣教士的計劃。
拿撒勒人會
一九五六年，主的僕人們，得聖靈啟示，開了傳道之門，再差派宣教士西渡中華民國台灣省復工，傳揚聖潔真理，建立教會。
起初沿用「宣聖會」之名，但為求其名，特與世界各地統一，乃恢復原名──基督教拿撒勒人會，此時是一九六二年，並正式設為台灣地區總會，地址是台北市北投區關渡里聖景路一○○號監管各地方教會，這四十二年來，已在基隆區、台北區、桃園區、台中區、嘉南區、高屏區建立三十多所教堂，並神學院一所。
在一九八七年台灣拿撒勒人會成為正式自立地區，這是歷史性的轉捩點，一九八八年，台灣拿撒勒人會成立了地區財團法人董事會。目前會友人數約一千八百人。
錫安堂
一九五四年溝子口錫安堂建立之後，因著福音的大能，許多人在此得幫助，其中包括鄉間小民、也包括考試院的委員、和大學教授等，他們有的經歷心靈的新生，有的經歷重病得醫治，得救人數逐漸加多。因著上帝的同在與大能彰顯在這個教會中，名聲逐漸傳開來，有不少人從台北各地、宜蘭、高雄、甚至香港前來拜訪榮教士或參加聚會，從而得著聖靈的充滿與祝福。
基督教宣道會
台灣宣道會於一九五一年開始成立，因原在大陸和香港的會友陸續來台定居，相約聚會，至一九五三年春，首得香港宣道會西差會主席白德三牧師協助，於四月十九日在長安西路正式成立宣道會佈道所，奠定了宣道會在台北建立的初基。是年復活節，並假伊寧街福音堂舉行宣道會在台建立後首次浸禮，由香港宣道會劉福群牧師主禮。是年冬，宣道會歐粹珍前來台北協助聖工，先後借婦女之家禮堂作主日崇拜聚會，又於樟州街賃居一間作為福音據點。流散各地會友逐漸歸回，聚會人數日益增加，神又揀選香港建道神學院賀彼得、林秀庭、凌克非等同工來台北事奉；教會事工日漸發展，遂於一九五七年在遼寧街現址購地六百坪，以為建堂基地，最先搭建竹棚，暫作聚會場所，不論主日崇拜、禱告會及兒童主日學等一切聖工活動，均在這所竹棚舉行。後因聖工發展，會友日眾，竹棚場地極感不敷應用，經弟兄姊妹懇切禱告，熱心奉獻，主更感動了美國、加拿大、香港各地宣道會弟兄姊妹熱心贊助。大力奉獻，終於一九六一年七月十五日，鋼筋混凝土的教堂建築落成，七月十七日舉行隆重獻堂典禮，請董顯光博士啟鑰，陳維屏牧師證道，這是宣道會在台灣的第一間教堂。
聖潔會
共黨竊據大陸後，開始臨逼宣教士，一九五一年最後一位宣教士被迫離開中國，而結束了在中國的工作。然而台灣是自由的，一些被共黨臨逼的宣教士，就開始計劃在台灣的福音工作。一九五三年九月二位女宣教士來到台灣，一年後，第一間台灣的聖潔會成立於新竹、許多人和宣教士一樣都是從大陸逃出的，很自然的，眷村的工作就迅速發展，繼而延伸作客家人的工作，因為聖潔會的宣教精神就是顧念偏遠、為人所忽視的地方，把福音帶進去。
行道會
行道會在台灣的事工始於一九五二年，美國行道會先後差派了聶國華、榮日昇、裴爾森等宣教士來台，從北而南殷勤傳福音設立教會，最早設立的有台北教會、北投教會、豐原教會，屏東教會……等。初期，美國行道會扮演了極重要的角色，提供了人力和財力的資源，至一九六五年教會堂數已達十一間。此後，行道會各處教會漸由本地同工負起牧養和拓植的工作，財務上也逐步邁向自足的目標，同時美國行道會差會漸次退居「協助」角色，如今所差的宣教士已全部撤返，取而代之的是台灣區行道會與美國行道會共同合作發展海外宣教事工。目前我們在台灣有三十一間教會，另在紐西蘭、菲律賓、韓國和美國各拓植了一間教會。
國語禮拜堂
台北國語禮拜堂，是一座自立自主，屬於地方性的獨立教會，不屬於任何教系、宗派，但與所有基督的教會，都有良好的互動關係。
民國三十四年，抗日戰爭勝利，台灣光復，范誦堯將軍受命來台接受日軍投降。范將軍是一位虔誠的基督徒，眼見大陸來台各界人士，日漸增多，其中信仰基督教者甚眾，由於台灣各地教會，均以台語傳道，深感不便，乃與唐守謙先生，李鐘賢靜女士等發起在台北市組設國語崇拜聚會。最初，借用許昌街青年會會議所為聚會場所，參加禮拜者日有增多，幾至無法容納，當時，台北市長為游彌堅先生，游市長亦為參加國語禮拜之基督徒，見教會如此之興旺，復興，內心深受感動，乃設法協助將原日本基督教團台北幸町教會禮拜堂，撥為國語禮拜堂聚會之用，三十六年六月中旬正式遷入，成立台北市國語禮拜堂，以迄於今。
靈糧堂
一九五四年九月：成立台北靈糧堂，先後借女師附小幼稚園及台銀幼稚園聚會。
基督教中國佈道會
一九四八年秋，從中國大陸遷徒台灣的人數以百萬計。計牧師差派沈保羅牧師由上海來台展開傳道工作。沈牧師以台中為根據地，分向台灣南、北兩地設立教會。創辦聖經學院及孤兒院，並於一九四九年一月一日成立中國佈道會台灣區辦事處。旋於一九六一年將本會台灣區辦事處遷至台北現址：台北市天母東路六之二～三號，並於同址附設聖道兒童之家迄今。中國佈道會的發展現已遍及台灣、香港、澳門、新加坡、馬來西亞、泰國、印尼、美國等八個國家。
路德會
本會係美國米蘇里路德會於大陸淪陷後，約在民國四十年差派美籍宣教師來台租屋傳福音，設立路德教會，另方面於嘉義辦神學院培育本國傳道人員。
宣教師們起初由台北及嘉義展開福音事工，以後到台南、新營、虎尾、斗六、彰化、南投、桃園、板橋、花蓮及新莊等地傳道，設立教會。特別是，陸續在各地開始購買土地，興建教堂。
從民國四十年至六十八年之期間，所有購地、蓋堂以及一切經費均由米蘇里路德會所撥款支應。本國教友之奉獻款用於負擔本國教牧部份薪津及其他費用。
民國六十九年起至七十四年五年間，逐年遞減對本會之經費支持。七十五年起本教會正式成為完全「自立自養之教會」。
基督教喜信會
1953年差派艾理琛夫婦到台灣為開端，選擇了台灣的中心點埔里設立佈道所，為申請法人登記，購置埔里，蚵寮（高雄縣）兩筆土地，後來再購得台中的場所，以埔里，台中兩筆土地登記為基督福音教會，因福音會登記在先，未得通過，經辦的蔡律師改用台灣省基督教會完成登記手續，經過多年沿用溫哥華教會的名稱，也根據；羅10：15報福音傳喜信的人，他們的腳蹤何等佳美。而改稱為基督喜信會��自1953～1977年是基督喜信會在台灣的開拓與植堂時期，在這段時間，由溫哥華陸續差派卅多位傳道人來台協助各地事工，為栽培本地傳道人，在埔里開辦短期聖經班，每期四個月，前後舉辦四期每期大約廿名，1967年使用台中喜信會會址改建而成立台中喜信聖經學院，招生的對象是一般社會青年，指定的聖經課程是必修課目，另外也有外文與教會音樂為選修課目，來學院求學的學生，大部份是未信者，他們初次接觸聖經，初次聽道，不久決志信主，不少學生獻身全時間參與事奉行列，最可取的，他們實在把自己擺上了，他們不計較酬勞，不計較場所，他們不懂神學理論，但是他們有一個單純的使命︰要廣傳主的福音。
耶穌基督後期聖徒教會
民國四十四年於香港成立南遠東傳道部，次年六月首派四位傳教士來台傳教，以後逐年增加，四十八年使徒彼得生馬可來台奉獻台灣地區為傳道區；四十九年完成摩門經中文譯稿，五年後出版；六十年成立台灣傳道部；六十二年成立教會教育機構；六十四年八月十三、四日先知甘賓塞會長偕總會當局人員蒞台訪問，於國父紀念館舉行地區大會；次年四月二十二日成立台北支聯會，七月台灣傳道部改為台北傳道部；六十八年成立台中傳道部；七十年十一月六日成立高雄支聯會；七十一年三月十四日台北支聯會劃分為東、西台北支聯會，四月總會教友大會宣布興建台北聖殿，八月二十六日破土，七十三年十一月十七、八日奉獻，翌日啟用；同年設教會辦事處。八十六年成立台南支聯會，八十七年成立中台北支聯會，九十年成立桃園支聯會，九十二年成立新竹支聯會。台北就業資源中心於八十九年成立，以自立原則及勤奮務實的精神協助教友就業。
